水稻主茎叶片数和分蘖数存在叶蘖同伸规律，即当主茎第4叶抽出时，第1叶腋内伸出第1分蘖的第1叶;当主茎第5叶抽出时，第2叶腋内伸出第2分蘖的第1叶，第1分蘖的第2叶。即母茎n叶抽出时，第n-3个分蘖内抽出第n-3个分蘖，并且其它已产生的分蘖各增加1个叶。在大田生产中，我们可以看到它们大多存在分蘖缺位现象，这可能一方面是由于大田肥水管理不善造成的，另一方面可能是由于种植密度过大。早稻的栽种密度较中稻和晚稻大，而小苗要增加30%的用种量，大苗需减少30%的用种量，这样才能保证群体的总茎孽数达到合适的目标。播种量过大使得种植密度过大从而导致水稻缺孽现象严重。
水稻的根系为须根系，由种子根和数条不定根组成，其中不定根包括冠根，节根，大侧根和小侧根。根系功能有固定支持功能，水肥吸收功能，泌氧和有机物质功能，合成氨基酸和激素功能（如ABA和CTK）。在大田生产中我们如何判断根系生长是否良好呢，可以通过根的颜色看出来。所谓“白根有劲，黄根保命，黑根要命”，如果水稻根大部分都是白色的，说明根系生长十分健壮；如果水稻根大部分都是黄的，需要加强田间管理了，看能不能恢复；那如果根是黑色的，对水稻生长来说可能就十分危险了。
水稻育秧流程主要包括种子处理，营养土的制备，播种、暗化齐苗及摆盘和秧田水肥药管理这些过程。传统育秧打破种子休眠需晒种、浸种和催芽，而机械育秧浸种不催芽，稻谷阴干控水，手抓种子不粘手即可播种。营养土的制备包括菜园土或耕作熟化的旱作地和基质育秧，但是菜园土和旱作地存在破坏农田，用工大量和质量欠佳的问题，而基质育秧虽然比较便宜，但由于是工厂小作坊生产出来的，良莠不齐，也存在很多的质量问题，工作人员一般先拿这些基质土先做实验，再进行大规模的播种。传统和机械的育秧的大田管理基本一致，温度，水分，肥料和化控差不多。
水稻育秧还包括整钵育秧，毯状育秧和半钵育秧三种，我们看到的有半钵育秧和毯状育秧，毯状育秧非常形象，就是可以将它像毯子一样卷起来。钵苗和毯状育秧的主要区别在于钵苗育秧的水稻苗根都挤在一个个圆柱状小土块里，播种时直接将这些小土块种植到水稻田里，不容易伤到根系，这样水稻苗移栽到大田的缓苗期短或几乎不用缓苗，而毯状育秧水稻秧的根系互相交错，播种机械容易伤到根系，因此移栽到大田的缓苗期长。钵育秧的钵比毯育秧贵一些，但使用时间较长，且不会伤苗，因此综合来看，钵育秧相对较好。
稻田灌溉诗有云“干湿交替灌为主，苗够晒田至叶黄；沃重瘠贫分多次，花期高温深水护。” 建立以干湿交替或湿润灌溉为主的灌溉制度，湿润模式满足水稻对水分需求，控干稻田水能增强土壤氧气，满足根系氧气需求。比如如果稻苗处在分蘖期，就需要浅水层至饱和土壤含水量，短期落干形成旱地，增加根区空气含量，以促分蘖早发快生。
至于水稻的肥料管理，可以根据斯坦福方程可以计算氮肥的使用量，分蘖期的目标是确保有足够的有效穗。氮肥的流失主要是氨的挥发、反硝化脱氮、淋溶和径流等，我们可以通过覆膜等技术措施减少氮的径流损失。高效施肥原则主要包括吸收原则和利用原则，其中吸收原则是穗肥>分蘖肥>基肥。根据苗的大小确定基肥+分蘖肥与穗肥比例，中大苗移栽或晚熟品种为5:5,小苗机插或中熟品种为6:4，小苗抢栽和早熟品种则为7:3。氮肥分3至4次施用，确保水稻高产优质。