在发现蝴蝶兰患上了茎腐病之后，就要迅速的将其进行脱盆脱土的处理，让植株能够免于被继续腐蚀侵害，将其根部所附着的杂物和腐朽的水苔洗掉。
准备好一把锋利的小刀，并将小刀在火上炙烤或是在酒精中浸泡一段时间，以杀灭刀刃上所携带着的病菌，然后切除所有做了标记的部位，将所有的腐烂部分全都卸下并集中焚毁。
切除掉了所有的腐烂部位之后，就要转而为剩下的植株进行消毒的处理，防止潜藏的病菌继续感染植株。将植株浸泡到1000-2000倍稀释的多菌灵溶液或百菌清溶液中几分钟。
旧有的培养基质和花盆因为接受了植株的病菌侵蚀，已经无法再使用，需要重新购买或是调配出栽植蝴蝶兰所需的水苔、泥炭藓和蛇木屑等，再将处理完毕。